משאבת חום סופחת חום מהאוויר ובאמצעותו מחממת את המים. בשנים האחרונות התרבה השימוש במשאבות חום לצורך חימום מים, לרחצה ולהסקה. החום מיוצר באמצעות דחיסה ושחרור של גז, בדומה לפעולה של מזגן. בחימום במשאבות חום אין חוט להט, ולכן אין איסור הבערה, כפי שיש בחימום בדוד חשמל. עם זאת, המים עצמם מתחממים ומגיעים לחום שהיד סולדת בו, והדבר אסור בשבת משום בישול. בצריכת מים חמים מדוד בשיטת משאבות חום – אין הפעלת גוף חימום, אך יש חשש לאיסור בישול של המים הצוננים שנכנסים. ובדומה לדוד חשמל רגיל. ואמנם יש מקום להגדיר את החימום בשיטת משאבות חום כאסור מדרבנן בלבד, שכן לא כך חיממו במשכן, וגם כיום אין זו הדרך לבשל; אך אין הדבר ברור, וייתכן שדי בכך שרבים מחממים כך כיום כדי להגדיר זאת כאיסור תורה. מכון צומת מאשר דוד בשיטת משאבות חום, המאפשר חימום אוטומטי וצריכה של המים במהלך השבת, באופן הבא: כדי לנטרל את איסור הבישול, הדוד תוכנן כך שיחמם את המים לחום שאין היד סולדת בו, ואין בו איסור בשבת. הגדרת יד סולדת נקבעה לפי 45 מעלות צלזיוס, כדעת הרש"ז אוירבך[7] ופוסקים נוספים שכתבו כדבריו, בדיוק או בקירוב.[8] לכך מוסיפים מרווח ביטחון של 5 מעלות נוספות, כך שהמים מחוממים עד 40 מעלות.

בנוסף, בכל דוד הפועל בשיטת משאבות חום, ישנו גם גוף חימום הדומה לגוף רגיל, ולעיתים החימום מתבצע על ידו. מכון צומת מוודא שישנה אפשרות להפעיל את משאבת החום ללא שימוש גוף החימום, ומנחה להשתמש כך בשבתות וחגים. בנוסף, אחת לשבוע מתבצע חיטוי של הדוד הכולל חימום של המים שבדוד לטמפרטורה של כ-65 מעלות, על מנת לשמור על היגיינת המכשיר.. בשונה מפיקוד שבת של דוד חשמל רגיל שכולל מנגנון המשכת מצב, בדוד בשיטת משאבות חום אין מנגנון כזה, משום שהחימום אינו נעשה באמצעות גוף חימום ואין בו איסור תורה של הבערה או בישול, ולכן אין צורך למנוע את האפשרות שיש להשפעה של הצריכה על פעילות הדוד, כל עוד לא מדובר בהשפעה וודאית. וזאת בדומה לפתיחת דלת מקרר בשעה שהתרמוסטט מורה לו שלא לפעול, שלדעת פוסקים רבים אין בה איסור.[9] לפני מתן אישור ממכון צומת, נבדקת ההיתכנות של צריכת כמות מים גדולה מבלי להפעיל את המערכת, ורק אם הדבר אכן אפשרי וממשי ניתן האישור. כמו כן, האישור מוודא שצריכת מים לא יוצרת שינוי בחיווי של הצג של הדוד.